当英国陷入印度民族大起义的旋涡时，多斯特·穆罕默德开始征服卡塔干的米尔·阿塔里克(Mir Ataliq)，后者和布哈拉以及逃亡中的胡勒姆米尔·瓦利结成了军事同盟。米尔·阿塔里克收到了一道最后通牒，要求他承认多斯特·穆罕默德作为阿富汗哈基姆的地位，并在呼图白中吟诵埃米尔的名字。
征服卡塔干的米尔·阿塔里克
这些要求被拒绝后，阿夫扎勒·汗在胡勒姆边境集结了军队。米尔·阿塔里克向布哈拉求助，尽管布哈拉的纳斯鲁拉·汗对埃米尔的野心大为光火，并且斥责他拒绝入侵印度，但在帮助卡塔干的事情上仍然无能为力，因为他的家门口有更近的敌人需要解决。1859年春天，阿夫扎勒·汗向卡塔干西南部进军，当地主要的居民塔吉克人像欢迎解放者一样欢迎他，因为穆拉德·贝格夺走了他们的土地，强迫他们生活在不毛之地和蚊虫滋生的沼泽地上。
当达哈纳伊·古里据点在长期被围困后沦陷时，米尔·阿塔里克穿过阿姆河逃走了。1859年6月，昆都士落入阿富汗人手中。与此同时，第二支纵队占领了鲁斯塔克（Rustaq，今阿富汗查哈尔维拉亚特鲁斯塔克县），巴达赫尚的省长也接受了阿富汗的宗主权。一年后阿夫扎勒·汗占领了萨尔普勒，驱逐了马哈茂德·汗，在驻军的支持下任命了一位穆罕默德扎伊人为长官。1860年末，梅马内成了巴尔赫省最后一个独立的乌兹别克酋长国。
赫拉特之争
1862年初，在位第七年的多斯特·穆罕默德出发征服赫拉特，夺下它可能是最大的荣耀了。英国又一次支持这次战役，因为如果喀布尔直接统治赫拉特，波斯人的野心以及更难对付的俄罗斯帝国的野心就能被抑制。战斗打响前，多斯特·穆罕默德写信给总督坎宁勋爵，再三向他保证自己的目的是“重新统一”阿富汗，无意将阿富汗的边境向西推进到古里安以外的地方。
为了替自己攻打赫拉特正名，他还提醒总督，赫拉特统治者苏丹·艾哈迈德·汗与一起战争罪有牵连，因为麦克纳顿被谋杀时他就在现场，没有采取任何行动阻止事情的发生。似乎复仇能成为英国不反对多斯特·穆罕默德兼并赫拉特的一个理由，人们似乎轻易地遗忘了英国特使的致命枪伤是来自埃米尔儿子的事实。苏丹·艾哈迈德·汗在沙俄特使抵达赫拉特后，宣布自己打算与沙俄帝国签署一项协议，于是英国更加愿意支持埃米尔的入侵了。
1862年夏末，埃米尔占领了法拉，在击退了苏丹·艾哈迈德·汗阻止他前进的无力尝试后，他的军队包围了赫拉特。多斯特·穆罕默德的军队在围城8个月后，于1863年5月27日，向赫拉特的城墙发起了暴风般的猛攻，洗劫了这座城市并屠杀了城内居民。不过，苏丹·艾哈迈德·汗并没有活着看到自己的城市沦陷，在最终决战前几周他就死了。这场胜利的两周后，多斯特·穆罕默德也去世了，被葬在了古扎尔加，离着名伊斯兰法理学者赫瓦贾·阿卜杜拉·安萨里的陵墓不远。
阿富汗最幸运的统治者多斯特·穆罕默德
多斯特·穆罕默德必须被视为阿富汗最幸运的统治者。他躲过了一系列的暗杀和大家族内部的其他挑战，数次在锡克人和英国人手里品尝到败绩，丢掉了杜兰尼王朝冬都白沙瓦的控制权，还被驱逐到了印度。但是在英国尝试复辟萨多扎伊王朝失败后，他恢复了自由并得到许可回到喀布尔，而与此同时，他的老对手兰吉特·辛格的帝国却崩溃了。
英国在第二次锡克战争后吞并了旁遮普，意味着阿富汗对英国的印度防卫政策有了更加重要的战略意义。以上的结果就是两份《英国—阿富汗协议》的签署，以及为埃米尔提供大量的军事和资金援助，在国际上承认他的王朝主权，使他征服巴尔赫、坎大哈和赫拉特的行为完全合法化了。克服了重重困难，多斯特·穆罕默德从一次又一次的不幸中卷土重来。到了生命即将终结时，他已经把王国的边境向北推至阿姆河，向南推至古里安。
在国内，多斯特·穆罕默德改革了地方政府。他的统治不是通过代理人——自治的、世袭的统治者，向国王支付固定的税款或按年缴纳以换取权力，而是任命自己偏爱的儿子们为部长和省长。他虽然有一个顾问委员会，但是除了象征性的权力，所有的实权都集中在他的儿子手中。
向中央集权的转变也被延伸到司法体系上，多斯特·穆罕默德恢复了公开听证制度，他可以对申诉进行裁决，并同时担任法官和陪审员。实际上，在多斯特·穆罕默德的统治下，政府成了家族企业，与欧洲民族国家相比，这个国家更像是在按照阿拉伯酋长国的方式运行，这种体制一直延续到穆萨希班(Musahiban)王朝在1978年垮台后才结束。
阿夫扎勒·汗与谢尔·阿里的对抗
阿夫扎勒·汗对权力的掌控和谢尔·阿里一样脆弱。阿夫扎勒被宣布成为埃米尔后不久，他的侄子穆罕默德·拉菲克·汗和其他一些穆罕默德扎伊人就被逮捕了。这是因为穆罕默德·拉菲克·汗被发现写信给舒贾·穆克(Shuja al-Mulk)在卢迪亚纳的儿子萨哈扎达·沙赫布尔，提出要拥护他登上王位。拉菲克被一根丝绳绞死后，尸体挂在希萨尔城堡的城墙上被狗啃噬。然后阿卜杜·拉赫曼任命的巴尔赫总督法伊兹·穆罕默德拒绝向阿夫扎勒宣誓效忠，还击退了前来攻打自己的军队。
阿夫扎勒在南部取得了更大的胜利。1867年11月，阿卜杜·拉赫曼攻下了坎大哈，谢尔·阿里则逃到了赫拉特。听闻了法伊兹·穆罕默德的不满情绪后，谢尔·阿里决定前往巴尔赫参加战斗，以对付这个王位觊觎者。
谢尔·阿里率军穿过查哈尔维拉亚特，从穆尔加布河到巴达赫尚的所有乌兹别克埃米尔们都表达了对他的支持。谢尔·阿里抵达塔赫塔普尔后举行了一个盛大的集会，召集了巴尔赫本土的领袖们和他一起去了沙依·马尔丹神庙，在那里他对着《古兰经》发誓要恢复他们的自治权，以回报他们支持自己对抗穆罕默德·阿夫扎勒。他甚至承诺如果自己取胜，就免除该省两年的税赋。
穆罕默德·阿夫扎勒·汗和穆罕默德·阿扎姆·汗的友谊
当谢尔·阿里在巩固自己在北方的控制权时，一场霍乱席卷了喀布尔和达曼，摧毁了阿夫扎勒在恰里卡尔的军队，埃米尔本人也病倒了。谢尔·阿里听说阿夫扎勒生命垂危，便率军穿过安朱曼山谷(Anjuman)前往潘杰希尔，并在巴扎拉克安营扎寨，科希斯坦和塔格布的毛拉及部落代表纷纷来到营地向他表示效忠。临终之际的阿夫扎勒在病榻上命令阿卜杜·拉赫曼·汗迎战敌人。10月初，谢尔·阿里在离如今的贾巴尔萨拉吉(Jabal Saraj)定居点不远的安拉达得堡(Qal'a-yi Allahdad)被击败，法伊兹·穆罕默德·汗也被反弹的炮弹开膛破肚。
安拉达得堡战役本应为内战的决定之战，但是局势出乎意料地朝着有利于谢尔·阿里的方向发展。1867年10月7日，阿夫扎勒·汗在获胜3天后去世了，阿卜杜·拉赫曼·汗回到了喀布尔主持哀悼仪式。刚回到城里，他就收到了扫兴的消息：阿夫扎勒·汗已经任命了他的兄弟阿扎姆汗为埃米尔，随后他的叔叔与认为自己应该成为埃米尔的阿卜杜·拉赫曼·汗发生了对峙。阿卜杜·拉赫曼·汗最终还是勉强承认了阿扎姆·汗的继承权，但是阿扎姆·汗担心自己的侄子会废黜自己，便派他率军前往巴尔赫对付谢尔·阿里。经过激烈的争吵后，阿卜杜·拉赫曼·汗违背了命令。