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以基因进化图谱讨论意大利抗体阳性事件

2020-12-29 16:35:05

之前本人发文说了意大利和日本在污水里检测到武汉肺炎病毒的事情,有网友告诉我说我说的不对,是意大利检测到了武汉肺炎特异性抗体。所以本人在昨天发文说了污水里不可能存在抗体的事情,今早看了回复,才发现我和那位网友说的完全是两回事,我说的是19年意大利的污水,他说的是19年癌症研究项目留存的血样。这是两件事。那既然有网友感兴趣这个意大利血样阳性的问题,那今天就单独说一下这个抗体阳性事件的我个人看法,这个个人看法也是现在学术界一些大牌学者的疑惑。

首先我看了意大利那个肿瘤研究中心的论文,自然我是不懂意大利文的,但是我看到了英文版的论文。这个论文看看最后的结论部分而不看中间操作和实验设计的部分,确实是很劲爆,而且可信性很强。但是咱们从后往前接着看。为什么我说这个实验结论部分很有可信性呢,因为这个血样的特异性抗体那么这个抗体会不会出错呢?目前来看按照他的结论和科学理论来说是不会的。因为这次武汉肺炎抗体是与以往不同的。意大利作者采取了ELISA和流式细胞仪法,他们的检测结果发现文中的四组的抗体,这抗体里能够和普通冠状病毒产生免疫交叉反映的只有针对整个S蛋白的IgG还有针对N蛋白的IgG,然而IgM以及针对S蛋白里的S1部分的和RBD蛋白的IgG只有真正感染了武汉肺炎的人才能检测到。

我之前曾经发了一篇关于冬季疫情病毒学预测的文章那里面详细的阐述了S蛋白的问题,这里就不多做叙述了这个S1就相当于是锁芯,也就是说S蛋白整个相当于一把锁的话,S1就是变化最快的且更为复杂的锁芯,这个S2部分就是变化很慢的锁的屁股。这次意大利科学家就是检测的就是 针对S1部分的抗体,可以说如果意大利科学家没出什么错误的话,就应该确定无误了。但是我们往前看,看这个实验的操作和设计问题。这部分就有些可疑了。可信度就不那么高了,至少可以说这个意大利科学家的实验存在瑕疵,无法确认其可信性为高。

实验部分写的很清楚,是他们自己设计的一款还未被批准的ELISA试剂盒,也就是说这是自己生产的未经批准且未经科学论证的产品,没有获得批号的产品。但是有的网友会说了,科学理论你前面不都是说了吗  ?怎么没经过批准就不能信了呢?这里面存在一个有效性和特异性验证问题。按照意大利学者的操作他们使用的质控区域是Hcov的也就是普通的冠状病毒,以此来证明他们做了交叉免疫反应炎验证,但是这里存在一个问题,他们并没有针对这个质控区域产生免疫交叉反映的数字进行报告,也就是说,有多少是与普通冠状病毒产生交叉免疫反映的没有写。尤其是有这么一段话。大家看一下:
To probe the potential consequences of antibody cross-reactivity, we examined the ability of preexisting antibodies to inhibit SARS-CoV-2 entry into HEK293T cells (fig. S14 and supplementary text). Although not expected to directly inhibit RBD-mediated cell attachment, S2-targeting antibodies that can neutralize SARS-CoV-2 have recently been discovered (9, 10). HEK293T cell infection with SARS-CoV-2 S pseudotypes was efficiently inhibited by sera from seroconverted (Ab+) COVID-19 patients, but not from those that had not yet seroconverted (Ab?) (Fig. 3A). Surprisingly, sera from SARS-CoV-2-uninfected donors with SARS-CoV-2 S-reactive antibodies also neutralized these pseudotypes, whereas none of the sera neutralized vesicular stomatitis virus (VSV) glycoprotein pseudotypes (Fig. 3A). Comparable neutralization of SARS-CoV-2 S pseudotypes was also observed with sera from SARS-CoV-2-uninfected adolescents (Fig. 3A). Moreover, the majority of sera from SARS-CoV-2-uninfected donors with flow cytometry-detectable cross-reactive antibodies also neutralized authentic SARS-CoV-2 infection of Vero E6 cells, albeit on average less potently than COVID-19 patient sera (Fig. 3B). By contrast, sera from SARS-CoV-2-uninfected patients without cross-reactive antibodies exhibited no neutralizing activity (Fig. 3B). Antiviral antibodies may also enhance viral entry by Fc receptor-mediated antibody-dependent enhancement (ADE). However, entry of SARS-CoV-2 S pseudotypes was not enhanced by either COVID-19 patient or SARS-CoV-2-uninfected patient sera in FcγRIIA-expressing K-562 cells (fig. S15).
他们表示尽管其平均效力低于COVID19患者的血清水平(本人认为指代的是Vero-V6细胞粘附的能力)。那么这一句来看也就是说他们的实验虽说出现了能够针对武汉肺炎病毒产生细胞粘附的效果,但是19年9月份的那些特异性抗体相较于真正的武汉肺炎患者还是存在不足。而且大家可以看到的是在做细胞粘附的时候也就是排除假阳性的时候,他们采取了一种VSV病毒抗原来做对照,按理说你研究武汉肺炎病毒的特异性抗体,怎么也要用普通的冠状病毒吧?用这个VSV是不是不太合理?

那么还有个问题,既然都是武汉肺炎病毒的抗体,怎么你做的实验对细胞的粘附怎么低于正常的武汉肺炎病毒产生的粘附呢?一句话说明了一个问题,那就是他设计的这个针对特异性抗体的检测有问题,检测的特异性抗体针对性不强。既然你针对性强,为何都是武汉肺炎抗体怎么会产生19年的样本抗体对细胞的粘附性相较于20年确诊病例的粘附性差呢?这只能说明要么是实验里存在问题,要么是就是19年的血液样本 是另外一种冠状病毒但是和武汉肺炎病毒比较类似而已。

其次咱们再看看这个基因进化树。根据目前世界统一的认知,是先有的武汉 L型的病毒之后才有S型的毒株,也就是说再进化过程里武汉毒株是祖先,也就是说武汉当时流行的是最早的版本,而且到了后来武汉出现了世界范围内比较流行的S型,这个样本采集时间很早。这也说明了现在病毒起源于武汉。

除此之外,大家看看现在的新闻报道,无不是说意大利或在19年九月份就已经爆发疫情,都是加了一个或字,这就表示新闻媒体工作者也不是很确认这个报道的真实性或有效性。为什么国内的新闻媒体在这个急于甩锅的时候不把这个锅狠狠地往外甩??反而是采取了不清不楚的模糊报道??原因就是意大利的检测存在很大的不确定性。

意大利的检测貌似是铁证如山,其实可以看做是实验者自己都不知道自己在做什么。要想证实意大利19年就爆发了疫情大可以用血液样本做一个PCR,对血样里的病毒做一个全基因组测序,这样就可以直接把意大利作者想要表达的意思说的清清楚楚明明白白,而且这个实验也简单,还有国际高度认可的试剂盒,完全不需要自己设计。很省事。那意大利作者为何舍近求远呢?这一点很可疑。唯一说得通的就是这位意大利作者知道病毒还是源于武汉,要是做基因测序就露馅了,自己设计一个抗体检测试剂盒,有点小瑕疵就可以改变结果。这么做名利双收。所以意大利作者就做了这个可信度不高的实验。

目前对病毒起源问题的最佳证据就是病毒基因测序。除此之外还需要加做WB蛋白印迹。所以本人认为,意大利作者的文章在外行眼里看理论性很强,铁证如山,但是在内行眼里看满篇的问号,让人越看越糊涂。有搅混水的嫌疑。

本来我是不打算说这个的,但是本版块讨论这个的很多,那就干脆拿出来说吧,其实这个实验在腾讯新闻里已经有人说了,还是宾夕法尼亚大学病理及实验医药系研究副教授。网名是一节生姜。他说的已经很详细了,但是还有人问,那我就说说我的看法,而且知乎里也有人讨论过了,觉得这些国内的门户网站都可以明面上讨论了,我也没必要再说了,没想到还是有人对起源问强辩,那我就说说吧。

要想证实这个病毒起源,现在唯一的办法就是做基因序列测试外加WB蛋白印迹,其余的什么抗体和核酸测试都是没用的,即便是在以前的样本检测到了病毒,也不能确定这个样本是不是在实验的时候污染了,因为现在感染率已经达到我今年二月份的预测那就是10%左右。这么高的感染率你知道实验室里哪些人没携带病毒?你怎么确认样本没有和今年的保存在一起然后被气溶胶污染?大家想必都知道青霉素的起源吧,那不就是一次实验污染带来的吗?而且中国03年的SARS时期,中国电镜之父在给患者肺组织做扫描电镜的时候还说过是支原体肺炎,导致一时间全国上下都给SARS患者使用罗红霉素而不使用抗病毒药物,原因就是患者遗体被污染了。这些事情也不是不可能,而且很有可能。

想要做起源,就老老实实回去做测序和WB印迹。其他的任何结论都不会被学界广泛认可。耍花活最后只会牺牲自己的学术声誉。让自己身败名裂。