中国第一大河长江覆盖国境约五分之一的土地面积，流域遍布多省，其下游包含上海、南京、杭州等重要经济城市，是中国重要命脉。 但根据中媒《了望》新闻周刊报导，最新一期的水质研究报告显示，长江流域受“抗生素”污染，除水中生态严重受影响，更令人担忧的是，近年来有多研究单位对上千名儿童、孕妇检测，发现长江三角洲地区约4成孕妇尿液中检测出抗生素，此外，高达8成儿童的样本中含抗生素，其中含“兽用抗生素”，甚至部分已禁用于临床上，专家警告恐将降低人体免疫力。

综合媒体报导，《了望》新闻周刊25日发表长江流域水质调查报导，内容显示长江流域的抗生素平均浓度偏高，下游的抗生素排放量更居中国前三位，而这些抗生素主要来自医院和制药厂废水、水产和畜禽养殖废水及垃圾掩埋场，除因水中大部分抗生素无法在现有工艺下有效去除，导致长江成为“抗生素和耐药基因库”，让水中生物“ 慢性中毒";甚至部分排放高浓度抗生素的废水排污口就位在民生饮用水水源地上游“5公里”，也对人体造成直接性的威胁。

上海复旦大学公共卫生学院近年来采检长江三角洲地区上千名8至11岁儿童和516名孕妇的尿液，调查结果显示，高达8成儿童的尿液含有1种以上的抗生素，总共验出21种人用、兽用或人兽用抗生素，甚至检验出临床上已禁用的抗生素，而超过4成孕妇的样本也被检验出含有抗生素，种类达16种。 多位医生、专家警告长时间摄入抗生素，且易产生抗药性、破坏体内菌种平衡，将造成免疫力降低。

虽近年当局加强规范长江流域的废水排放政策，但因政策主要针对下游地区，反使不少化工、制药、中低端制造、畜禽养殖等企业将厂房转移至往上游或支流地区，且因中国目前未有完善监测、管制抗生素滥用的机制，导致今日的局面。 已有相关专家唿吁应尽快修订标准、严控源头、加强研究，解决抗生素污染水源的问题。