在全面抗战伊始，虽然，开始了“国共第二次合作”，但“兄弟阋于墙”的纷争从未停止。国民党军队在抗日战场节节败退的同时，却没忘了对中共进行军事“围剿”。
国民党大会
1939年1月，国民党五中全会制定了溶共、防共、限共、反共的政策。会后颁布了《异党问题处理办法》、《陕甘两省防止异党活动联络办法》等反共文件。为配合其反共政策，国民党不断向陕甘宁边区周围增加兵力，加强军事封锁。
1939年，直接包围陕甘宁边区的兵力北线有第22军、新编第1军、第4军等3万人；西线有第42军、第57军、第11军、第12军、第81军等10万人；南线有胡宗南的第1军、第3军、第16军、第17军、第36军、第90军、第93军等近18万人。
1939年11月，国民党又召开五届六中全会，实行把“政治限共为主”改变为“军事限共为主”的政策，并发出进攻八路军、新四军的密令，蓄意制造反共摩擦。
除了举世闻名的“皖南事变”这样的大事件外，封锁陕甘宁边区的国民党军更是不断制造摩擦事件。
1939年至1940年，国民党顽军在边区周围制造了大小几十次军事摩擦事件，较为突出的是：
陇东分区的两次事件；
关中分区的旬邑事件和淳化事件；
绥德警备区的国民党专员何绍南的叛乱事件等。
而国民党顽军的军事进攻，也使边区面积由129608平方公里减少为98960平方公里，人口由200万减少为约150万。
1940年，胡宗南部（最多时总兵力达50万人），分驻在边区周围各县，形成北起府谷、横山，西至宁夏、甘肃，南接泾水，东到黄河的五道包围封锁线（北边二道，南边三道）。在这几道封锁线中，靠近边区周围的封锁线特别严密，不仅含野战工事，永久工事，而且每隔一定距离，依靠地形筑有碉堡，重要地段上由胡宗南的正规军把守。北边第一道封锁线上的碉堡4，500多个，南边第一道封锁线上的碉堡6，300多个。仅洛川至黄陵间80华里的地段，就有518个碉堡。还在边区周围增修了20多个飞机场。为了对边区实行经济封锁，在各个进出边区的大小路口，设立哨卡，严密监控，切断了边区同外界的一切联系，并采取各种办法干扰和破坏边区的财政经济。他们不准边区的农副产品向外输出；又以法令禁止国统区的物资，特别是棉花、布匹、粮食、药品、火柴、电讯器材等物资进入边区，为者以“走私”论罪，物资没收，货主法办。他们还在边区附近组织边币与法币兑换的黑市，利用兑换差价影响边区的物价，引诱走私，扰乱金融市场，破坏边区财政。
中共中央的经济状况再度面临着严峻的考验，内外交困的情况下，依然积极对策，在今天来看，至少我认为，这也是历史选择了中共的原因之一，即从中共军队诞生开始，十几年来，一直是在狭小，封闭，生产力低下，后勤不足的情况下艰苦奋战，却屡屡从一个胜利走向另一个胜利。长征这种无后方长途行军作战更别说了，说奇迹都是降低了纬度。
彼时，针对陕甘宁经济窘境，毛泽东为首中共决策层，发出了“自己动手，丰衣足食”“发展生产，保障供给”的指示，展开了轰轰烈烈的“大生产运动”。这在今天，很多事迹已经见诸各类文字，不再赘述。
中共中央更重要的一个举措就是号召各个机关、部门要建立好自己的“家务"，各单位进行开荒、种粮、种菜、纺纱、织布工作的同时，还汇同隐蔽在沦陷区（敌占区）的地下党组织（隐蔽战线组织），从延安抽出部分资金和可靠人员到国统区，包括香港沦陷区去做买卖贸易，为中共最高层及各个决策机关机构积累了大量赖以生存和发展的资金。
1941年9月，为了统一管理这些特别经费和中共经济战线上的机构，中共决定设立“中央书记处特别会计科"（简称“特会科”）。
明确特会科的职能和管辖权：主要负责管理地下党的活动经费、援外经费及中央会议所需的一切经费。
特会科的主要资金来源有：中共秘密企业（党员企业）所赚的钱、各个中央局上交的黄金（由于当时各根据地货币不统一，只能上交黄金）、历次战斗战役后所获的战利品、中央及各局统一收取的党费及抗战时期海外爱国人士和华侨捐助的款额。特会科主任为赖祖烈，直属领导任弼时。
延安时期任弼时
特会科的良好运转在关键时刻发挥了巨大的作用。如1946年6月，李先念领导的新四军五师，六万多人枪被国民党军三十多万人围困在鄂东宣化店一带狭小地区，中央指示特会科以最快速度筹集到了法币、美元，甚至通过渠道动用了飞机空投到五师驻地，在经济上保障了中原突围的胜利。
1946年夏，蒋介石还都南京，重庆八办同时随迁，另在上海设办事处，在平、津、沪创办报纸，都是特会科调度了资金。
1947年，毛泽东率领中央前委撤离延安转战陕北，在生活极其艰苦的条件下指挥与胡宗南及全国各个战场的作战，中共中央还召开了几次会议。在陕北米脂县杨家沟召开了着名的“十二月会议”，规模比较大，时间长，参加的人数也多，也动用了特会科管理的“党产”。
1947年3月，
中共中央撒离延安。中央特会科首先撤至昊家寨，中央后委组建后，特会科主要力量随中央后委东渡黄河来到山西省临县三交镇双塔村，驻守在八号院，由于任弼时随毛泽东一起，率领中央前委转战陕北，特会科工作暂由叶剑英负责，考虑到战争的残酷，以及做好未雨绸缪的准备，叶剑英命令特会科，对一些不易携带的“党产"
进行了秘密埋藏，并派出秘密武装人员，进行坚决守卫（此景想起了长征后，原来的中央苏区银行的坚壁清野的历史）。
1947年7月，中央工委到达西柏坡，进行中央委托的日常工作。西柏坡及附近村庄突然增加了数千名中央机关人员和警卫部队，吃住显得很紧张。
1947年10月，中央任命赖祖烈任中央工委副秘书长，赶赴西柏坡，主要负责建立兵站和修建房屋工作。特会科的黄业宣随同前来（彼时为赖祖烈秘书）。
赖祖烈
1948年3月，中央前委、中央后委机关开始向中央工委所在地河北省平山县西柏坡行进，中共最高层大会师。特会科的重要物资由几十头驮骡运输，每头驮骡由三个人保护。除特会科自带一个50人的警卫排外，另外华北军区加派了一个连武装护送。这次转移，跨越了陕西、山西、河北三省的二十多个县，行程约数千华里，一路危险重重。据参与此次“特殊运送”的特会科科员成正荣老前辈回忆：“经过北同蒲铁路一条敌人封锁线时，当时规定通过那段路时都要跑步前进，牲口也要人赶着快走。跑出两三里后才改为正常行军。特会室的同志们先清点所有的箱子和物资，确保无缺无损，大家才放心了，并谢别了护送部队继续前进。"经过近一个半月紧张艰苦的行军，4月下旬终于来到西柏坡。
特会科在西柏坡后，最初被安排在东、西柏坡两村口间的一个大土棚子里，虽然临时加固了墙，安了大门，但条件依然简陋。彼时，人员和物资都挤在大棚子里，又由于此地是交通要道，赖祖烈和中央警卫处处长汪东兴研究后，特设了总收发室，加设武装岗哨。
曾经的西柏坡
特会科转移结束没几日，任弼时、叶剑英共同视察特会科。由赖祖烈汇报了一年多来特会科的工作情况：一年多来，所有的特会科管理的“党产”都安全，无遗失的到达中央所在地。但为了安全，需要加建窑洞和库房，以为妥善保管“党产”。
任弼时和叶剑英代表中央表示了同意基建请求，并且各自对特会科一年多来在残酷环境下保管“党产”，并且良好的维护了中央及各地“党产党企”的运作做出了肯定。随即宣布，特会科的工作将仍归属任弼时领导。
不几日，中央修建科出了基建的初步图纸，由中央各机关干部、警卫部队一起动手，用了月余时间就建好了大库房。这是中共中央在东、西柏坡唯一一座自己修建的独立建筑。建址位于东柏坡村打麦场后边
后山，窑洞是在当地老百姓原来三眼土窑的基础上挖成的，新建房屋就在窑洞前，分东西两排，八间房。东排为大库房，分别存放日常办公用品、布匹以及文件，另有一间接待用房，是为临时来客留宿准备。西排为办公住房，赖祖烈夫妇住一套间，里间卧室，外间会客和办公，另边还有两间工作人员的办公室。当
时特会科共有赖祖烈、李配之、钟子山、黄业宣、谢淑珍（赖祖烈夫人)、汤致勤(1948年8月，到石家庄学习，后直接进京、成正荣等若干人，其中李配之、钟子山、黄业宣三人为副科长。
今天复建的西柏坡革命旧址
物资中的贵重物品都存放在窑洞。三眼窑洞，最东边一眼稍高，比西边两眼高出两个台阶，由李配之居住并保管，里边放着如宝石、象牙、鹿茸等贵重物件；中间一眼，由钟子山负责管理，主要的是保险柜，存放重要钱款和账本；西边一眼放着由陕北运过来的黄金。
西柏坡期间，由于全国胜利的高潮即将来临，特会科的工作异常繁忙，业务主要有三个方面：
1，清查物品数量，确保账物清楚；
2，为党的各项工作列支经费并送达。如主要列支的经费有民主人士北上的经费、召开七届二中全会部分费用等；
3，货币通兑。由于当时各个解放区币值不统一，为了方便来解放区的地下党和隐蔽战线人员往来和一 些国际友人工作和生活方便，特会科要做好经费中的货币通兑。
七届二中全会现场
在西柏坡繁忙工作了一年，北平和平解放，特会科开始最后的历史使命。
1949年2月，赖祖烈率领特会科成员，先期前往北平，安排中央进京的选址工作及建国用度。当时用了七辆大卡车，为安全计，每辆车上配备机枪一挺，一个加强连武装护送。出发当天夜宿石家庄，次日达保定，第三天顺利抵达北平香山。
两天后，向中央报告，“党产”全部点验无误，安全入库，库钥匙由钟子山科长掌管。
特会科（室）是中共中央在困难时期为维持生存而特设，全国即将全面解放，新的中国呼之欲出，特会科也完成了历史任务。特会科进京后，完成了最后的工作后，将管理的“党产”作了如下处理：
邓洁在北平经营的一批商店、电影院、木材厂以及准备在密云开挖的金矿，全部移交给新成立的北平市
；赖祖烈在北平做生意留下的金条银元，还有几方存放在东交民巷中国银行保险库里的古印，折价卖给人民银行，钱存在中央的特别会计室；至于香港的华润公司和五丰商行等，因为当时香港还是英国人控制的地区，交由中共香港工委管理。
特会科由此完成了历史使命，取而代之的是中央特别会计室，由赖祖烈等几人只管理党员上交的党费和毛泽东稿费等，不再牵涉到任何商业企业的经营管理。