此时的朱厚熜内心是有点自卑和不安的。他的父亲朱祐杬是明宪宗朱见深的第四子，是明孝宗朱佑樘的弟弟，受封为兴献王，藩地在湖北安陆。按照明太祖朱元璋定的规矩，藩王必须离京到外地就藩，非诏不得进京，而且不准参加科考，不准做官，由朝廷发俸禄养着就好。当时朱厚熜继承王位没多久，不出意外，他今后就是一富贵闲人的命。没想到天上掉下了一块最大的馅饼，让他捡着了，藩王变成了大明皇帝。狂喜之余，朱厚熜内心还是有些忐忑不安的，毕竟待在湖北安陆这个小地方，没太见过大场面。想着神秘的紫禁城和里面的人，他竟有些茫然，不知道如何开启自己的帝王之路。

朝廷的大臣们已经给他设计好了要走的路。到达北京城外的良乡时，根据内阁首辅杨廷和的谋划，朝廷礼部派人通知朱厚熜，让他从东华门进入京城，然后在文华殿居住。朱厚熜自小在母亲蒋王妃的教导下，熟知朝廷礼仪，马上感觉不对，因为这不是迎接皇帝的礼仪，而是迎接太子的礼仪，皇帝走的是大明门，居住在奉天殿。倔强的朱厚熜断然否决了这个方案，强调“我是来继承皇帝位的，不是来继承太子位的”，在他放弃帝位、打道回府的要挟下，大臣们让步了，朱厚熜从大明门昂首进入了紫禁城。

1521年5月27日，朱厚熜正式即位，以第二年为嘉靖元年，所以他又叫嘉靖帝。朱厚熜下令群臣议定自己父母的封号，这是每个皇帝即位后必须要做的事。大臣们拿出了早就商量好的意见，就是朱厚熜在继位的同时，还要继嗣，要认明孝宗朱佑樘当爹（皇考），认武宗朱厚照为皇兄，才符合《皇明祖训》中“兄终弟及”的继位礼法，这也是当初他们执意让朱厚熜以太子身份进入京城的原因。至于朱厚熜的生父兴献王，只能改称“皇叔考兴献大王”，生母蒋氏改称“皇叔母兴国大妃”。祭祀时朱厚熜对其亲生父母自称“侄皇帝”。大臣们的这个意见，还想申明一个极其严肃的问题：朱厚熜继位，是以孝宗儿子的身份，而不是地方藩王身份，其他藩王不要有什幺痴心妄想！

朱厚熜有点发懵，压根没想到当皇帝要认别人当爹娘，自己的爹娘却变成了叔叔、叔母。他心里怎幺也绕不过弯来，不管大臣们用祖宗礼法如何劝导，他就是坚决不同意，同时提出了自己的想法：追尊生父朱祐杬为皇考兴献帝、生母蒋王妃为兴国皇太后，尊称孝宗朱佑樘为“皇伯考”。这个想法的核心就是申明“我是我爸的儿子，不当别人的儿子！”大臣们觉得朱厚熜白捡了个皇帝，还如此计较父母名分，不顾祖宗礼法，也非常恼火。双方互不妥协，于是展开了一场激烈的政治争论，史称“大礼议”之争。

明代文官集团的势力确实强大，加上朱厚熜刚刚继位，根基还不稳，为了尽快给父母一个合适的名分，朱厚熜在斗争之余，也做了许多疏通工作。他极力优待杨廷和、毛澄等重臣，给他们升官晋爵，追封先祖，封荫子弟，想让他们高抬贵手，通融一下，但人家不领情，婉拒了这些恩赐。在迎接母亲蒋王妃入京的仪式上，朱厚熜坚持用皇太后之礼，遭到杨廷和等人的反对。朱厚熜无奈之下，不顾帝王之尊，竟然痛哭流涕，表示愿意辞去皇位，和母亲一起返回安陆。皇帝如此悲情，杨廷和不得已稍微退让了一步，但对朱厚熜父母的封号问题依旧不松口。

这一争执局面持续了三年多时间，朱厚熜与大臣们打了数不清的口水官司、笔墨官司，谁也不能说服谁。聪明的朱厚熜在这段时间里积极培植自己的势力，获得了张璁、霍韬、席书等一些大臣的支持，还顺水推舟，让最碍眼的杨廷和告老还乡。在根基渐稳的情况下，他于1524年七月十二日正式下诏，尊生父为“本生皇考恭穆献皇帝”，生母为“本生母章圣皇太后”。“皇考”前加了“本生”两字，已经是朱厚熜的让步方案，只是表明了谁是生养自己的父母，还不完全是宗法意义上的“皇考“。他这样做还是想尽量减少大臣们的反对声浪。

即便如此，他的诏书刚一下发，还是引起了轩然大波，两百多位朝廷大臣在左顺门痛哭跪谏，请朱厚熜改变旨意。 朱厚熜在文华殿听到门外哭声震天，就命太监传诏让大臣们退去，但大臣们一直跪到中午也不挪窝，杨廷和的儿子杨慎等人捶着门大声哭喊，“声震阙庭”，想以此迫使朱厚熜屈服。 忍无可忍的朱厚熜发飙了，命令锦衣卫将134名五品以下官员下狱拷问，将86名四品以上官员停职待罪。过了几天，朱厚熜还不解气，又下令将四品以上官员停俸，将五品以下官员当廷杖责，结果活活打死了16人。至此反对皇帝的官员都不说话了，在至高皇权和血腥暴力的护佑下，18岁的朱厚熜取得了“大礼议”之争的最后胜利。

胜利后的朱厚熜索性强硬到底，他重新给生父朱祐杬上尊号“皇考恭穆献皇帝”，尊称生母蒋氏为“圣母章圣皇太后”，把“本生”两个字拿掉了，改称明孝宗为“皇伯考”，十四年后他更是将生父牌位移入太庙，享受最高礼仪的祭祀。“大礼仪式”之争是明朝历史上的大事，它不是简单的礼仪之争，而是一场激烈的政治斗争，是新皇帝与前朝势力集团之间的博弈。朱厚熜最后钦定“大礼”，宣告了皇权的至高无上，标志着他真正掌控了权利，拉开了明代改革的序幕。“大礼仪”之争也使朱厚熜对文官集团产生了严重的排斥心理，在以后的执政生涯中，他对大臣猜忌多于信任，防范多于倚重，并且滥施权谋手腕，竭力营造自己高深莫测的帝王形象，产生了十分消极的影响。