1941年徐恩曾又升了职，从军统局的局长到了交通部的次长。他明显开始飘飘然，不把一手提拔他的陈氏兄弟放在了眼里。为了爬到部长的位置，他冲突了陈氏兄弟的利益，等于是背叛了两人。与此同时蒋介石也看到了他的野心，已经开始猜忌他。

而死对头戴笠一直没有放弃掰倒他，多方面搜集他的罪证。徐恩曾本身也不是什么干净人。为了讨好蒋介石，他宁愿错杀也不放过一个共产党或者进步人士，就算是在国民党内部已经树敌无数。再加上徐恩曾本人在抗战时期的本职工作就做的不好，后期工作也毫无建树，蒋介石难以忍受他的无用，对他的信任度也渐渐降低。

而且徐恩曾人品有问题，贪污受贿相当严重。在抗日战争时期滥用职权发国难财，甚至他的第二任妻子还在他的默许之下明目张胆疯狂走私。这些罪证戴笠不需要花费多大力气就能够轻易取到，蒋介石再也不能当做看不见，以滥用职权、走私战略物资、纵容手下杀人、扰乱市场秩序等等罪名将昔日风光的中统头领罢免了，并且永不录用。

徐恩曾因为急功近利反而落得一事无成的下场，其实只要再晚一年，戴笠就因飞机失事而去世，届时他最大的威胁就这么没有了。

在政治上的落寞没有让徐恩曾一蹶不振，他选择了弃政从商。不得不说徐恩曾在行商方面确实有两把刷子，不过两年手下的公司企业已经初具规模。这之后他又投资海轮，一举成为大富商。而他依旧没有忘记在政坛上叱咤风云的感觉，后来又做了中国工程师代表，以一个小官重新回到政界。

蒋介石战败之后，徐恩曾一同回到了台湾，在台湾他依旧吃着老本过着富裕的生活，直到1985年才去世。相比于当时战败他的戴笠，他的结局好了很多。